Stredoeurópska nadácia vyhlasuje výzvy na predkladanie projektov v súlade s cyklom jednotlivých programov. V prípade nepriaznivých finančných okolností sa môže stať, že výzvy pre niektoré programy nebudú vyhlásené každoročne. Nadácia všetky aktuálne výzvy zverejňuje v časti Aktuálne výzvy a zároveň o nich informuje aj prostredníctvom tlačových správ v médiách.
Prihlásené projekty sú posudzované na základe kritérií stanovených vo výzve buď samotnými pracovníkmi nadácie alebo odborníkmi, s ktorými nadácia spolupracuje v rámci konkrétnych programov. Odbornými spolupracovníkmi sú pracovníci renomovaných inštitúcií akými sú napr. Fakulta telesnej výchovy a športu UK v Bratislave, či Slovenský šachový zväz, ale aj uznávaní umelci a vedci. Konečné slovo pri rozhodnutí o podpore má Správna rada nadácie, ktorá zohľadňuje odporúčania projektových manažérov nadácie alebo odborných spolupracovníkov.
Nadácia môže výnimočne poskytnúť granty aj mimo vyhlásených výziev. Predkladané projekty však musia byť v súlade s oblasťami podpory CEF a mať náležitú formu. Takto predložené projekty nadácia vyhodnocuje spravidla v štvrťročných intervaloch, preto je pri ich plánovaní potrebné túto okolnosť zohľadniť.
Podpora, ktorú nadácia poskytuje v rámci vzdelávania, je zameraná na realizáciu systémových zmien vo vzdelávacom systéme. Nadácia neposkytuje granty na študijné štipendiá a pobyty, pokiaľ sa nezhodujú s podmienkami podpory v rámci programu Gulliver Connect.
Záujemcovia o grant sú povinní preukázať schopnosť spolufinancovať projekty, spravidla do výšky 40% z výšky projektového rozpočtu. V prípade udelenia grantu nadácia podpíše s príjemcami Zmluvu o poskytnutí finančného príspevku. V súlade so zmluvou sú úspešní žiadatelia povinní zdokumentovať vynaloženie prostriedkov vo finančných správach príslušnými účtovnými dokladmi a výsledky projektu v správach o realizácii.
Nadácia môže zvážiť aj poskytnutie opakovanej podpory, prípadne dlhodobé partnerstvo. Jedná sa o projekty, ktorých stúpajúca kvalita a spoločenský prínos, ako aj spokojnosť s doterajšou spoluprácou, presvedčili o vhodnosti a potrebe opakovanej podpory.